Le filtrage, qui précède la mise en bouteilles, consiste à filtrer le whisky à travers une succession de filtres en cellulose. Celui-ci, qui s’effectue généralement à froid (entre 0°C et -10°C), permet d’éliminer certaines matières grasses (riches en arômes) et des résidus de fûts. Il apporte également brillance et limpidité au whisky. L’absence de filtrage à froid permet d’obtenir des whiskies généralement plus gras et plus complexes. Ces derniers peuvent se troubler en dessous de la température de mise en bouteilles.